В октябре 2000 года было возбуждено дело против главы Курской области Александра Руцкого в связи с незаконной приватизацией служебной квартиры. 22 октября он был снят с выборов. Через два года суд признал приватизацию законной.
В октябре 2000 года было возбуждено дело против смоленского губернатора Александра Прохорова (хищения и незаконное финансирование дорожного строительства). В мае 2002 года он проиграл выборы. 22 сентября 2004 года приговорен к трем годам заключения и амнистирован.
В январе 2002 года главу Ненецкого АО Владимира Бутова обвинили в злоупотреблении служебным положением, 10 апреля 2002 года — в неисполнении решения суда. В декабре оба дела закрыты по «реабилитирующим обстоятельствам». 22 августа 2003 года против него возбудили дело за избиение инспектора ГАИ. В декабре 2004 года он был приговорен к трем годам условно.
25 апреля 2002 года было возбуждено дело против губернатора Курской области Александра Михайлова (растрата и мошенничество при покупке жилья). 27 января 2003 года дело закрыли за отсутствием состава преступления.
30 сентября 2003 года тверского губернатора Владимира Платова обвинили в превышении полномочий и нанесении бюджету ущерба в 463 млн руб. 7 декабря он проиграл выборы. 11 ноября 2005 года приговорен к пяти годам тюрьмы. 27 апреля 2006 года Мосгорсуд снизил наказание до трех лет условно.
27 октября 2003 года против губернатора Камчатки Михаила Машковцева было заведено дело по обвинению в халатности, а 17 марта 2004 года — по обвинению в превышении полномочий. 19 декабря он переизбран губернатором. 10 июня 2005 года прокуратура прекратила дело «ввиду раскаяния».
17 мая 2004 года прокуратура Саратовской области предъявила губернатору Дмитрию Аяцкову обвинения в злоупотреблении положением и превышении полномочий. 7 июля обвинения были сняты.
1 июня 2004 года возбуждено дело по фактам нецелевого использования средств ярославским губернатором Анатолием Лисицыным. 20 августа ему предъявлено обвинение в превышении полномочий. 4 апреля 2005 года дела прекращены в связи с истечением срока давности.
28 декабря 2004 года самарская прокуратура возбудила дело против губернатора Константина Титова (злоупотребление служебным положением). 24 февраля 2005 года господина Титова переквалифицировали в свидетеля.
В декабре 2005 года было возбуждено дело по подозрению в получении взятки в отношении губернатора Ивановской области Владимира Тихонова. В августе 2006 года к обвинению добавилось «незаконное хранение боеприпасов». 4 сентября 2006 года дело прекратили за отсутствием состава преступления.
19 мая 2006 года Генпрокуратура возбудила в отношении главы Ненецкого АО Алексея Баринова дело по фактам «мошенничества в крупном размере» и «хищения или растраты вверенного имущества». Эти преступления, по утверждению прокуратуры, господин Баринов совершил в конце 1990-х годов, возглавляя ОАО «Архангельскгеолдобыча», ущерб оценивался в 30 млн руб. 21 июля он был отстранен от должности и 6 сентября 2007 года осужден по одному из эпизодов дела на три года условно.
В апреле 2007 года Генпрокуратура завела на губернатора Амурской области Леонида Короткова дело о превышении должностных полномочий. 10 мая президент РФ отправил его в отставку «в связи с утратой доверия». 27 декабря 2010 года суд вынес экс-губернатору оправдательный приговор.
В ноябре 2008 года следственный комитет при прокуратуре Иркутской области возбудил уголовное дело в отношении экс-губернатора Александра Тишанина, обвинив его в злоупотреблении служебным положением. В апреле 2011 года Тишанин стал депутатом Госдумы, о закрытии дела не сообщалось.
В августе 2011 года Следственный комитет РФ (СКР) возбудил дело против ушедшего в отставку главы Тульской области Вячеслава Дудки. Он обвинялся в получении взятки в 40 млн руб. за выделение ЗАО «Корпорация ГРИНН» земельного участка под строительство гипермаркета. 22 июля 2013 года суд приговорил его к девяти с половиной годам колонии строгого режима. В июне 2018 года бывший губернатор вышел на свободу по УДО.
В марте 2014 года губернатор Новосибирской области Василий Юрченко был отправлен в отставку, а в мае против него было возбуждено уголовное дело. Следствие обвинило его в превышении должностных полномочий. В октябре 2017 года экс-главу Новосибирской области приговорили к трем годам заключения условно.
В сентябре 2014 года отправлен в отставку и арестован губернатор Брянской области Николай Денин. СК РФ обвинил его в злоупотреблении должностными полномочиями. В ноябре 2015 года Денин был признан виновным и приговорен к четырем годам колонии общего режима. В апреле 2018 года бывший губернатор вышел на свободу по УДО.
4 марта 2015 года был задержан глава Сахалинской области Александр Хорошавин. Губернатор обвинялся в получении взятки на сумму $5,6 млн от руководства ООО «Сахалинская компания “Энергострой”». В феврале 2018 года бывший губернатор получил 13 лет колонии строгого режима по одному из своих уголовных дел.
19 сентября 2015 года был задержан глава Республики Коми Вячеслав Гайзер. Губернатор обвинялся в создании преступного сообщества и мошенничестве, в рамках дела были задержаны 20 человек, в том числе предшественник господина Гайзера на посту главы Коми Владимир Торлопов. В июне 2019 года экс-губернатор получил 11 лет строгого режима за получение взяток, мошенничество и легализацию добытых преступных путем средств. Господин Торлопов получил 6,5 года общего режима.
24 июня 2016 года в одном из столичных ресторанов следователи СКР совместно с сотрудниками ФСБ задержали губернатора Кировской области Никиту Белых. По версии обвинения, в 2012-2016 годах Белых лично и через посредников получил две взятки на 600 тыс. евро. 28 июля господин Белых был освобожден от должности «в связи с утратой доверия». В феврале 2018 года он был приговорен к восьми годам колонии.
16 марта 2017 года стало известно, что против экс-губернатора Челябинской области Михаила Юревича (занимал пост в 2010-2014 годах) возбудили уголовное дело по факту получения взятки от министра здравоохранения региона Виталия Тесленко. По данным следствия, общая сумма взяток составила 26 млн руб. Также, по данным СК, Михаил Юревич в 2011-2014 годах за действия, входящие в его служебные полномочия, а также за общее покровительство с его стороны получил от предпринимателей области взяток на сумму не менее 3,4 млрд руб. В мае 2017 года Михаил Юревич был заочно арестован и объявлен в международный розыск. По данным СМИ, обвиняемый проживает в Великобритании.
В апреле 2017 года от должности был отстранен и по подозрению в получении взятки в размере 235 млн руб. задержан глава Марий Эл Леонид Маркелов. В настоящее время он находится под арестом, ожидая суда. 6 мая 2019 года в Нижегородском районном суде начались слушания по делу экс-губернатора. 24 февраля 2021 года суд приговорил Маркелова к 13 годам колонии строгого режима и штрафу размером около 235 млн руб.
В апреле 2017 года СК РФ возбудил уголовное дело в отношении главы Удмуртии Александра Соловьева. Следствие обвинило его в получении взятки в особо крупном размере. С августа 2017 года господин Соловьев находился под домашним арестом. В декабре 2018 года в Удмуртии начались судебные слушания по его делу. 14 октября 2020 года Завьяловский районный суд Удмуртии приговорил экс-главу региона к десяти годам лишения свободы со штрафом в 275 млн руб. Его признали виновным в получении взяток более чем на 139 млн руб. 18 марта 2021 года суд освободил его от отбывания наказания в связи с тяжелой болезнью.
В октябре 2018 года был задержан бывший губернатор Еврейской автономной области (ЕАО) Александр Винников. Он обвинялся в подстрекательстве к злоупотреблению должностными полномочиями. По версии следствия, в 2014-2015 годах он давал указания и склонял начальника регионального управления здравоохранения закупить на торгах медоборудование для онкодиспансера по завышенной стоимости. В июле 2019 года бывший губернатор был приговорен к четырем годам лишения свободы условно. В сентябре того же года суд ЕАО отменил приговор господину Винникову и признал его незаконным. Дело было направлено в Биробиджанский районный суд для рассмотрения в ином составе суда.
28 марта 2019 года в Москве был задержан бывший губернатор Хабаровского края и полпред в Дальневосточном федеральном округе Виктор Ишаев, он обвинялся в хищении средств НК «Роснефть». По версии следствия, с 2014 по 2017 год, являясь вице-президентом компании, господин Ишаев, обманув руководство ПАО, «обеспечил» заключение «по явно завышенной стоимости» договоров аренды помещения площадью свыше 280 кв. м для нужд ее представительства в Хабаровске в принадлежащем ему ООО «Бейс». Экс-губернатор находился под домашним арестом, 17 ноября 2020 года дело поступило в Замоскворецкий суд Москвы, который 17 февраля 2021 года признал бывшего губернатора Хабаровского края виновным в растрате 7,5 млн руб., принадлежащих «Роснефти» и приговорил его к пяти годам условно.
31 мая 2019 года был задержан бывший губернатор Ивановской области Павел Коньков, возглавлявший регион с 2013 по 2017 год. Он обвиняется в растрате 700 млн руб., бывшему губернатору грозит до 10 лет колонии. В марте 2020 года суд изменил меру пресечения господину Конькову с СИЗО на домашний арест. В ноябре 2020 года по этому же делу был задержан бывший губернатор Ивановской области Михаил Мень, предшественник Павла Конькова на посту. По данным Генпрокуратуры, в ходе следствия он дал показания на господина Меня.
11 октября 2019 года стало известно о возбуждении уголовного дела в отношении бывшего главы Челябинской области Бориса Дубровского. Дело о злоупотреблении должностными полномочиями было заведено после проверки ФАС о картельном сговоре в дорожном строительстве региона. По данным следствия, бюджету региона был нанесен ущерб на сумму более 20 млрд руб. В конце октября 2019 года следственный департамент МВД отменил постановление о возбуждении дела против экс-губернатора. 17 декабря того же года Арбитражный суд Москвы отменил решение ФАС о сговоре на торгах при проведении аукционов по контрактам в Челябинской области. Суд признал недоказанной личную материально-финансовую заинтересованность господина Дубровского. 5 ноября 2020 года Арбитражный суд Московского округа удовлетворил кассационную жалобу ФАС и отправил дело на новое рассмотрение в суд первой инстанции.
9 июля 2020 года был задержан и на следующий день арестован губернатор Хабаровского края Сергей Фургал. Ему вменяется убийство двух или более лиц. По данным следствия, речь идет о ряде особо тяжких преступлений против жизни и здоровья граждан, занимавшихся предпринимательской деятельностью, совершенных в 2004–2005 годах на территории Хабаровского края и Амурской области. 20 июля он был освобожден от должности. Арест губернатора спровоцировал многотысячные акции протеста в Хабаровском крае. Господин Фургал может стать первым осужденным за убийство губернатором в России.
18 ноября был задержан аудитор Счетной палаты Михаил Мень. Его обвиняют в хищении 700 млн руб., совершенном на посту губернатора Ивановкой области, который он занимал в 2005-2013 годах. По версии следствия, в 2011 году господин Мень с бенефициарами группы компаний «ПРОДО» организовал преступную группу в целях хищения бюджетных средств, которые Минфин России выделил в качестве кредита для поддержки Ивановской области. Так как аудиторы Счетной палаты имеют неприкосновенный статус, Совет федерации одобрил задержание господина Меня и его привлечение к уголовной ответственности.