В ходе расследования было установлено, что эти деньги не пошли на решение поставленных руководством страны задач, а оказались на счетах Газпромбанка, ВТБ, "Банка Москвы" и "дочек" аэропорта "Внуково". Однако в декабре 2012 года уголовное дело неожиданно было закрыто.
Как рассказал источник "Росбалта" в правоохранительных органах, решение о прекращении громкого расследования, вынесенное полицейским Следственным управлением на транспорте, вызвало непонимание у руководства МВД РФ, которое распорядилось разобраться в сложившейся ситуации. В результате материалы на проверку взял Следственный департамент МВД РФ. Недавно это ведомство признало незаконным постановление о прекращении расследования, отменило его, а само дело было направлено в производство ГУ МВД по ЦФО. Не исключено, что в ближайшее время "не установленные лица", фигурирующие в деле, приобретут конкретные имена и фамилии.
Это уголовное дело было возбуждено 10 мая 2011 года Следственным управлением при Управлении на транспорте МВД России по ЦФО по статье 201 УК РФ (злоупотребление полномочиями). В основу расследования легли материалы проверок Счетной палаты РФ и ГУЭБиПК МВД РФ, выявивших факты "использования субсидий из бюджетных средств в сумме 2 млрд рублей не по целевому назначению". Летом 2008 года авиаальянс AiRUnion (в него входили авиакомпании "Красэйр", "Домодедовские авиалинии", "Самара", "Омскавиа" и "Сибавиатранс") оказался на грани банкротства. Были приостановлены перевозки тысяч пассажиров, уже купивших билеты. На совещании в правительстве премьер Владимир Путин
поручил своему заместителю Сергею Иванову разобраться с ситуацией, а если для этого "нужны средства, то выделить их немедленно".
В результате было решено, что перевозками пассажиров AiRUnion займется контролируемая правительством Москвы авиакомпания "Атлант-Союз", на эти цели ей в общей сложности выделили 5,8 млрд рублей – 2,2 млрд из бюджета столицы, 3,6 млрд рублей из федерального бюджета через госкорпорацию "Ростехнологии". Последняя в дальнейшем планировала создать на базе AiRUnion уже государственную авиакомпанию.
В результате пассажиров перевезли, скандал вокруг AiRUnion утих. Однако Счетная палата и МВД РФ провели проверку использования 5,8 млрд рублей и заподозрили, что 2 млрд рублей из этих средств пошли не по назначению. Ревизоры выяснили, что "Атлант-Союз" на государственные деньги стал скупать долги авиакомпаний, входивших в AiRUnion, при помощи заключения договоров цессии (переуступки долга). Фактически речь шла о том, что "Атлант-Союз" расплачивался по финансовым обязательствам самой AiRUnion и ее руководителей. Так, 1 млрд рублей потратили на выкуп у Газпромбанка векселей авиакомпаний из альянса, 250 млн рублей ушли ВТБ и "Новикомбанку" на погашение кредитов 2005 года, $8,5 млн были перечислены "Банку Москвы" на погашение другого долга, а около 500 млн рублей поступили в счет уплаты долгов перед ЗАО "Торговый дом АНК", ОАО "Аэропорт Внуково", ОАО "Внуково Хэндлинг", ОАО "Международный аэропорт Внуково". Последние четыре структуры связаны с аэропортом "Внуково" (совладельцем которого является правительство Москвы) и бизнесменом, бывшим замгендиректора авиакомпании "Атлант-Союз" Виталием Ванцевым.
Как посчитали ревизоры, поскольку бюджетные деньги предназначались исключительно для перевозки пассажиров, а пошли на выплату долгов, то они использовались не по назначению.