
Фигурант международных санкций с 2022 года.
В 1970 году Михаил Ковальчук окончил физический факультет Ленинградского государственного университета.
С 1971 года работал в в Институте кристаллографии имени А.В. Шубникова АН СССР в Москве, где прошел путь от стажера-исследователя до заведующего одной из ведущих лабораторий института – рентгеновской оптики и синхротронного излучения.
С 1998 по 2013 годы – директор Института кристаллографии имени А.В. Шубникова РАН.
В 1999 году Михаил Ковальчук был назначен директором "Курчатовского центра синхротронных исследований".
В 2005-2010 годах – директор Российского научного центра "Курчатовский институт".
В 2010-2015 годах – основатель и первый директор Национального исследовательского центра "Курчатовский институт".
31 декабря 2015 года Михаил Ковальчук вступил в должность президента Национального исследовательского центра "Курчатовский институт" сроком на пять лет. В ноябре 2020 года был переназначен на эту должность на новый пятилетний срок.
Является деканом физического факультета Санкт-Петербургского государственного университета (с 2012 года). Является президентом Всероссийского общества изобретателей и рационализаторов.
26 сентября 2022 года на фоне вторжения России на Украину Ковальчук был включен в санкционный список Великобритании против как действующих, так и бывших членов наблюдательных советов ряда российских банков.
29 сентября 2022 года включен в санкционный список Канады «близких соратников режима» за «соучастие в выборе президента Путина вторгнуться в мирную и суверенную страну».