В материалах дела об убийстве Бориса Немцова практически отсутствуют упоминания о роли в расследовании ФСБ РФ. Везде указано, что все задержания и оперативно-розыскные мероприятия проводились силами МВД. И только из одного документа становится ясно, что подозреваемых все же задержали контрразведчики. Причем операция прошла не очень гладко.
Из материалов дела следует, что задержания на территории Ингушетии Заура Дадаева, Анзора и Шадида Губашевых проводились ГУУР МВД РФ, причем по одному сценарию. Подозреваемых просто обнаруживали, на них надевали наручники, доставляли в аэропорт Беслана (Северная Осетия), откуда «под конвоем» сотрудников ФСБ на специальных самолетах перевозили их в Москву. И только один документ, присутствующий в деле, показывает, как на самом деле проходили спецоперации. Это постановление военно-следственного управления по СКВО об отказе в возбуждении дела по факту похищения «неустановленными сотрудниками ФСБ» братьев Губашевых.
Согласно показаниям полицейских, дежуривших 6 марта на посту № 48 (он находится на границе Ингушетии и Северной Осетии), в этот день в 10.40 утра к шлагбауму подъехали три машины («Лада Приора», Ford и Toyota) без номеров и с затемненными стеклами. Находившиеся в них пассажиры «славянской внешности», предъявили удостоверения сотрудников ФСБ, и их пропустили в Ингушетию. Как рассказала на допросе мать Губашевых, как раз в это время ее сыновья вместе с другом на своем BMW отправились в гости к родственникам. Позже друг сообщил следователям, что на дороге их иномарку блокировали несколько другим автомобилей, из них выскочили люди в штатском, силой вытащили Анзора и Шадида из салона авто и затащили в свои машины. Неизвестные, представившиеся сотрудниками ФСБ, также сели в BMW Губашевых. После этого кортеж направился в сторону Северной Осетии. Приятель братьев сразу сообщил о случившемся их матери, а та позвонила в полицию и заявила о похищении.
Полицейские с поста рассказали, что им поступил сигнал о похищении двух мужчин вместе с BMW и были предоставлены описание и госномер этой иномарки. Примерно в 12.40 к посту подъехало уже пять машин: «Лада Приора», Ford, Toyota, Nissan и тот самый автомобиль BMW, объявленный в розыск. Находившиеся в них люди приложили к лобовым стеклам пропуска-«вездеходы» ФСБ РФ. Кроме того, вышедшие пассажиры в штатском показали удостоверения и сами открыли шлагбаум. Однако полицейские на посту пришли в замешательство. С одной стороны у прибывших были документы, не позволяющие их задерживать, с другой - они ехали на BMW, на который поступила ориентировка о задержании в связи с похищением людей. Постовые сразу сообщили начальству, а контрразведчиков попытались задержать на некоторое время. Они очень возмущались этим и обвиняли полицейских в том, что те «срывают операцию ФСБ».
Довольно быстро на пост прибыла «Нива» с участковым и рядом руководящих сотрудников. Те не стали вдаваться во все подробности и признали, что документы и пропуска-«вездеходы» ФСБ превалируют над ориентировкой на розыск, поэтому кортеж должен быть немедленно пропущен. После этого он стремительно уехал в сторону Моздока.
В документе военных следователей, правда, указано, что они связывались с представителями группы по «делу Немцова» и те сообщили, что давали поручения о проведении оперативных мероприятий только представителям МВД, а не ФСБ. Однако в любом случае в управлении по СКВО сочли, что имело место не похищение, а операция по задержанию Губашевых, и отказали в возбуждении дела.
Примечательно, что во всех других документах, присутствующих в деле, указано, что Губашевы были задержаны не 6-го, а 7 марта силами исключительно МВД. Более того, в материалах утверждается, что BMW Губашевых была не вывезена вместе с братьями из Ингушетии, а случайно обнаружена на одной из улиц Моздока.