Он заключил сделку со следствием и дал показания о коррупции своего руководителя – начальника госпиталя Константина Панюшина. В том числе благодаря этому Панюшин получил девять лет колонии. Самого Шугакова обвинили только в том, что он получал от шефа взятки для сотрудников Минобороны и присваивал их.
Игорь Шугаков был задержан еще в апреле 2014 года вместе с начальником госпиталя имени Бурденко Константином Панюшиным и его заместителем Сергеем Сидякиным в рамках операции ФСБ РФ. Шугаков, занимавший должность начальника финансово-экономической службы-главного бухгалтера госпиталя, согласился сотрудничать со следствием, заключил досудебное соглашение, в рамках которого дал показания на Панюшина и Сидякина.
По версии следствия, летом 2013 года Панюшин узнал о том, что Минобороны намерено выделить на совершенствование системы безопасности госпиталя и его филиалов 250 млн рублей. Был заключен соответствующий госконтракт, руководство госпиталя начало поиск структур, которые будут обеспечивать медицинское учреждение системами контроля и осуществлять охрану территории и помещений. При этом Панюшин переживал, что представители Минобороны не в полной мере станут переводить запланированные суммы.
Чтобы подстраховать, он стал ежемесячно выделять Шугакову (последний уверял, что у него хорошие связи с финансово-экономических службах военного ведомства) взятки в размере 300 т-350 т рублей. Шугаков должен был передавать эти деньги своим приятелям в Минобороны "за своевременное и полное финансирование государственного контракта на охрану госпиталя". Всего с августа 2013 по апрель 2014 года главный бухгалтер получил от своего шефа на взятки 3,4 млн рублей. Следователи полагают, что на самом деле Шугаков никому эти суммы не передавал, а присваивал деньги.
Сам Панюшин на подобные "мелочи" не разменивался. Одно из частных охранных предприятий изъявило желание принять участие в конкурсе на заключение контракта по выполнению всех работ по обеспечению безопасности госпиталя. Начальник медицинского учреждения сообщил бизнесмену, бывшему сотруднику спецслужб, что организует победу его предприятию, но за "откат" в размере 50 млн рублей. Причем первый транш — в 4 млн рублей — должен быть выплачен еще до начала торгов. Руководитель ЧОП предпочел обратиться с заявлением в ФСБ РФ, а дальше действовал под контролем контрразведчиков. При этом сотрудники ФСБ РФ еще поставили прослушивающую аппаратуру в кабинете Панюшина. Из его бесед с заместителем Сидякины и главным бухгалтером Шугаковым они, в частности, узнали о ежемесячных отчислениях для представителей Минобороны.
Когда 25 апреля 2014 года глава ЧОП принес Панюшину 3,9 млн рублей, начальник госпиталя, Сидякин и Шугаков были задержаны.
Весной 2015 года Московский гарнизонный суд вынес приговор Панюшину и Сидякину. Оба были признаны виновными в получении взятки (статья 290 УК РФ). Панюшину служители Фемиды назначили наказание в виде девяти лет колонии строго режима и штрафа в 42,5 млн рублей, Сидякин получил три года лишения свободы и штраф в 2,3 млн рублей.
Активно сотрудничавшего со следствием Шугакова в мздоимстве обвинять не стали, ему инкриминировали только статью 159 УК РФ (мошенничество). Якобы он обманывал шефа, когда брал деньги для сотрудников Минобороны. Дело рассматривалось в Басманном суде в особом порядке, Шугакова приговорили к трем года колонии общего режима.
Его адвокаты обжаловали такое решение. Они сочли, что бывшему главному бухгалтеру дали слишком много, учитывая сделку со следствием и признание вины. Также они просили вернуть изъятые у Шугакова 900 тыс. рублей, поскольку это были не средства от мошенничества, а его личные накопления. Мосгорсуд оставил приговор в силе (он вступил в законную силу), а вот вопрос об изъятых деньгах попросил Басманный суд изучит заново.