Он и трое других топ-менеджеров банка обвиняются в аферах со средствами фирмы, которая входила в бизнес-империю Михаила Ходорковского. В данном уголовном деле фигурировал и сам Березовский.
Слушания по данному делу начались в Пресненском суде в декабре 2014 года и продлились 10 месяцев. В результате служители Фемиды признали Мотькина виновным в растрате (статья 160 УК РФ), "отмывании" средств (статья 174 УК РФ) и подделке ценных бумаг (статья 186 УК РФ). Ему назначено наказание в виде четырех лет и шести месяцев лишения свободы. Аналогичные статьи инкриминировались бывшим председателю правления "Имидж-банка" Вере Силиной и главному бухгалтеру Елизавете Гурьяновой. Они получили по четыре года колонии. А вот экс-член совета директоров банка Дмитрий Липенцов был освобожден от наказания. Его обвиняли только по статьям УК РФ 174 и 186, а по ним к концу слушаний истек срок давности, привлечения к уголовной ответственности.
Это была уже вторая попытка суда рассмотреть данное дело. Первый раз материалы поступили служителям Фемиды в декабре 2012 года. Однако были возвращены в прокуратуру для устранения ошибок. Следствие, в частности, не указало номера счетов организаций и адреса банков, участвовавших в схемах по выводу денег. Надзорное ведомство почти год пыталось оспорить такое решение в вышестоящих судах, но безуспешно.
Первые неприятности с правоохранительными органами произошли у "Имидж-банка" еще в 2001 году. Тогда Генпрокуратура провела обыск в банке в рамках расследования уголовного дела в отношении Владимира Гусинского, которому в то время и принадлежало это кредитное учреждение.
Потом контроль над банком перешел к Борису Березовскому, и он фактически стал правопреемником "Объединенного банка", принадлежавшего олигарху. Из правления "Объединенного банка" в руководство "Имиджа" среди прочих перешли Мотькин, Липенцов и Силина.
В феврале 2006 году Генпрокуратура возбудила уголовное по факту реализации фальшивых векселей представителями "Имидж-банка". По версии следствия, в 2001 году "Имидж" взял в долг у ЮКОСа $5 млн, а взамен в 2003 году предоставил ООО "Альта-трейд" (эта структура входила в бизнес-империю Ходорковского и неоднократно фигурировала в деле о хищении нефти) векселя на соответствующую сумму. Когда ценные бумаги были предъявлены к оплате, выяснилось, что они фальшивые. Мотькин вначале фигурировал в деле в качестве свидетеля, когда же он перебрался в Лондон к Березовскому, его объявили в розыск.
К этому времени Мотькин стал фигурантом еще одного уголовного дела, возбужденного Генпрокуратурой. Следствие считало, что в 1995 году руководители "Объединенного банка" (совет директоров возглавлял Борис Березовский, а Мотькин входил в состав совета) похитили у ОАО "Газпром" $20 млн. По версии депутата Госдумы Александра Хинштейна, эти средства Березовский занимал у "Газпрома" на предвыборную кампанию Бориса Ельцина, которая должна была стартовать в 1996 году. Так или иначе, "Объединенный банк" должен был рассчитаться с газовым монополистом в 1997 году, но этого не сделал.
В 2007 году в Англии у Бориса Березовского возник конфликт с бывшим партнером Мотькиным, последний вернулся в России и добровольно пришел с адвокатом в СКР. Там его допросили по делу о хищении средств "Газпрома", а по делу о хищении денег ЮКОСа арестовали.
Свою вину банкир признал частично, заявив, что во всей истории с векселями являлся "техническим исполнителем" поручений, данных Борисом Березовским. По версии Мотькина, в 2003 году олигарх потребовал выпустить дубликаты десяти векселей, так как оригиналы были утрачены. Это распоряжение Мотькин выполнил. Именно те самые дубликаты передали "Альта-трейд" в счет погашения долга. Когда фирма предоставила ценные бумаги к оплате, то оказалось, что оригиналы тоже существуют. Фактически эти векселя являлись фальшивками.
На свободу Валерия Мотькина отпустили под подписку о невыезде в декабре 2007 года. Бывший председатель совета директоров банка "Имидж" посчитал виновником всех своих бед Бориса Березовского и подал на олигарха гражданский иск на сумму 38 млн рублей – по 1 млн за каждый день, проведенный в следственном изоляторе. Однако Симоновский суд отклонил этот иск, посчитав его преждевременным. К тому времени уголовное дело о мошенничестве с векселями еще не рассматривалось судом, а, следовательно, до конца не установлено, кто виноват в этом преступлении.
В 2010 году Следственный комитет закрыл дело о хищении $20 млн у "Газпрома" в связи с истечением срока давности привлечения к уголовной ответственности. Одновременно с этим ведомство возбудило новое – о растрате руководством "Имидж-банка" 144,7 млн рублей. Данные материалы соединили в одно производство с делом о фальшивых векселях, в рамках единого расследования бывшим руководителям "Имиджа" и были предъявлены обвинения. Тома уголовного дела, в которых фигурирует Березовский, были выделены в отдельное производство.