
В 1996 году окончил Тюменский государственный университет. В 1996-1998 годах проходил обучения в Anglia Business School, Кембридж (Великобритания), получив там звание магистра бизнес-администрирования.
С конца 90-х годов начал работать в структурах ЛУКОЙЛа.
В 1998-2000 годах — финансовый аналитик, финансовый менеджер компании ЛУКОЙЛ-Прага.
В 2000-2001 годах — заместитель генерального директора компании ЛУКОЙЛ-Болгария.
В 2001-2002 годах — финансовый менеджер московского представительства швейцарского трейдера ЛУКОЙЛа Litasco.
В 2002-2003 годах — заместитель генерального директора компании LUKOIL Pan-Americas (США).
В 2003-2005 годах — первый заместитель руководителя аппарата совета директоров ЛУКОЙЛа.
В 2005-2007 годах — первый заместитель начальника Главного управления поставок и продаж ЛУКОЙЛа.
С октября 2007 года по февраль 2017 года — вице-президент–начальник Главного управления поставок и продаж ЛУКОЙЛа, с 2016 года года — старший вице-президент ЛУКОЙЛа.
С февраля 2017 года — председатель совета директоров международного трейдера ЛУКОЙЛа — компании Litasco.
В 2019 году Валерий Субботин и бывший однокурсник Владимира Путина, Ильгам Рагимов, "засветились" в покупке нефтедобывающей компании "Новый Поток" и Антипинского НПЗ. По мнению российских СМИ, Валерий Субботин продолжает представлять в российской нефтедобывающей отрасли интересы азербайджанских кланов и тесно связан с ЛУКОЙЛом.
С 2020 года Субботин владел 99% УК ООО "Сухогрузный перевалочный комплекс Высоцк" ("СПК Высоцк").
В 2023 году Субботин стал владельцем 100% уставного капитала ООО "Газ-Синтез" (Выборг, Ленинградская область). ООО "Газ-Синтез" планировало в интересах ЛУКОЙЛа к 2023 году построить завод по производству метанола в порту Высоцк (Ленинградская область). Мощность комплекса оценивалась тогда в 1,6 миллиона тонн в год. Генеральным подрядчиком проекта был корейский концерн Hyundai.