В октябре 2000 года было возбуждено дело против главы Курской области Александра Руцкого в связи с незаконной приватизацией служебной квартиры. 22 октября он был снят с выборов. Через два года суд признал приватизацию законной.
В октябре 2000 года было возбуждено дело против смоленского губернатора Александра Прохорова (хищения и незаконное финансирование дорожного строительства). В мае 2002 года он проиграл выборы. 22 сентября 2004 года приговорен к трем годам заключения и амнистирован.
В январе 2002 года главу Ненецкого АО Владимира Бутова обвинили в злоупотреблении служебным положением, 10 апреля 2002 года — в неисполнении решения суда. В декабре оба дела закрыты по «реабилитирующим обстоятельствам». 22 августа 2003 года против него возбудили дело за избиение инспектора ГАИ. В декабре 2004 года он был приговорен к трем годам условно.
25 апреля 2002 года было возбуждено дело против губернатора Курской области Александра Михайлова (растрата и мошенничество при покупке жилья). 27 января 2003 года дело закрыли за отсутствием состава преступления.
30 сентября 2003 года тверского губернатора Владимира Платова обвинили в превышении полномочий и нанесении бюджету ущерба в 463 млн руб. 7 декабря он проиграл выборы. 11 ноября 2005 года приговорен к пяти годам тюрьмы. 27 апреля 2006 года Мосгорсуд снизил наказание до трех лет условно.
27 октября 2003 года против губернатора Камчатки Михаила Машковцева было заведено дело по обвинению в халатности, а 17 марта 2004 года — по обвинению в превышении полномочий. 19 декабря он переизбран губернатором. 10 июня 2005 года прокуратура прекратила дело «ввиду раскаяния».
17 мая 2004 года прокуратура Саратовской области предъявила губернатору Дмитрию Аяцкову обвинения в злоупотреблении положением и превышении полномочий. 7 июля обвинения были сняты.
1 июня 2004 года возбуждено дело по фактам нецелевого использования средств ярославским губернатором Анатолием Лисицыным. 20 августа ему предъявлено обвинение в превышении полномочий. 4 апреля 2005 года дела прекращены в связи с истечением срока давности.
28 декабря 2004 года самарская прокуратура возбудила дело против губернатора Константина Титова (злоупотребление служебным положением). 24 февраля 2005 года господина Титова переквалифицировали в свидетеля.
В декабре 2005 года было возбуждено дело по подозрению в получении взятки в отношении губернатора Ивановской области Владимира Тихонова. В августе 2006 года к обвинению добавилось «незаконное хранение боеприпасов». 4 сентября 2006 года дело прекратили за отсутствием состава преступления.
19 мая 2006 года Генпрокуратура возбудила в отношении главы Ненецкого АО Алексея Баринова дело по фактам «мошенничества в крупном размере» и «хищения или растраты вверенного имущества». Эти преступления, по утверждению прокуратуры, господин Баринов совершил в конце 1990-х годов, возглавляя ОАО «Архангельскгеолдобыча», ущерб оценивался в 30 млн руб. 21 июля он был отстранен от должности и 6 сентября 2007 года осужден по одному из эпизодов дела на три года условно.
В апреле 2007 года Генпрокуратура завела на губернатора Амурской области Леонида Короткова дело о превышении должностных полномочий. 10 мая президент РФ отправил его в отставку «в связи с утратой доверия». 27 декабря 2010 года суд вынес экс-губернатору оправдательный приговор.
В ноябре 2008 года следственный комитет при прокуратуре Иркутской области возбудил уголовное дело в отношении экс-губернатора Александра Тишанина, обвинив его в злоупотреблении служебным положением. В апреле 2011 года Тишанин стал депутатом Госдумы, о закрытии дела не сообщалось.
В августе 2011 года Следственный комитет РФ (СКР) возбудил дело против ушедшего в отставку главы Тульской области Вячеслава Дудки. Он обвинялся в получении взятки в 40 млн руб. за выделение ЗАО «Корпорация ГРИНН» земельного участка под строительство гипермаркета. 22 июля 2013 года суд приговорил его к девяти с половиной годам колонии строгого режима.
В марте 2014 года губернатор Новосибирской области Василий Юрченко был отправлен в отставку, а в мае против него было возбуждено уголовное дело. Следствие обвинило его в превышении должностных полномочий. В октябре 2017 года экс-главу Новосибирской области приговорили к трем годам заключения условно.
В сентябре 2014 года отправлен в отставку и арестован губернатор Брянской области Николай Денин. СК РФ обвинил его в злоупотреблении должностными полномочиями. В ноябре 2015 года Денин был признан виновным и приговорен к четырем годам колонии общего режима.
4 марта 2015 года был задержан глава Сахалинской области Александр Хорошавин. Губернатор обвинялся в получении взятки на сумму $5,6 млн от руководства ООО «Сахалинская компания “Энергострой”». В феврале 2018 года получил 13 лет колонии строгого режима.
19 сентября 2015 года был задержан глава Республики Коми Вячеслав Гайзер. Губернатор обвинялся в создании преступного сообщества и мошенничестве, в рамках дела были задержаны 20 человек, в том числе предшественник господина Гайзера на посту главы Коми Владимир Торлопов. В июне 2019 года экс-губернатор получил 11 лет строгого режима за получение взяток, мошенничество и легализацию добытых преступных путем средств. Господин Торлопов получил 6,5 года общего режима.
24 июня 2016 года в одном из столичных ресторанов следователи СКР совместно с сотрудниками ФСБ задержали губернатора Кировской области Никиту Белых. По версии обвинения, в 2012-2016 годах Белых лично и через посредников получил две взятки на 600 тыс. евро. 28 июля господин Белых был освобожден от должности «в связи с утратой доверия». В феврале 2018 года он был приговорен к восьми годам колонии.
В апреле 2017 года от должности был отстранен и по подозрению в получении взятки в размере 235 млн руб. задержан глава Марий Эл Леонид Маркелов. В настоящее время он находится под арестом, ожидая суда.
В апреле 2017 года СК РФ возбудил уголовное дело в отношении главы Удмуртии Александра Соловьева. Следствие обвинило его в получении взятки в особо крупном размере. С августа 2017 года господин Соловьев находится под домашним арестом. В декабре 2018 года в Удмуртии начались судебные слушания по его делу. В конце сентября 2019 года он был переведен в стационар из-за болезни.
В октябре 2018 года был задержан бывший губернатор Еврейской автономной области Александр Винников. Он обвинялся в подстрекательстве к злоупотреблению должностными полномочиями. По версии следствия, в 2014-2015 годах он давал указания и склонял начальника регионального управления здравоохранения закупить на торгах медоборудование для онкодиспансера по завышенной стоимости. Бюджету ЕАО был причинен ущерб на 24 млн руб. В июле 2019 года он был приговорен к четырем годам лишения свободы условно.
31 мая 2019 года был задержан бывший губернатор Ивановской области Павел Коньков, возглавлявший регион с октября 2013 года по октябрь 2017 года. Его заподозрили в растрате на 700 млн руб. Бывшему губернатору грозит до 10 лет колонии.
28 марта 2019 года в Москве был задержан бывший губернатор Хабаровского края и полпред в Дальневосточном федеральном округе Виктор Ишаев, он обвиняется в хищении средств НК «Роснефть». По версии следствия, с 2014 по 2017 год, являясь вице-президентом компании, господин Ишаев, обманув руководство ПАО, «обеспечил» заключение «по явно завышенной стоимости» договоров аренды помещения площадью свыше 280 кв. м для нужд ее представительства в Хабаровске в принадлежащем ему ООО «Бейс». В настоящее время экс-губернатор находится под домашним арестом.
11 октября 2019 года стало известно о возбуждении уголовного дела в отношении бывшего главы Челябинской области Бориса Дубровского, его подозревают в превышении полномочий, сумма ущерба по делу оценивается в 20 млрд руб. Бывший губернатор скрывается от следствия.
9 июля 2020 года был задержан губернатор Хабаровского края Сергей Фургал. Ему вменяется убийство двух или более лиц. По данным следствия, речь идет о ряде особо тяжких преступлений против жизни и здоровья граждан, занимавшихся предпринимательской деятельностью, совершенных в 2004–2005 годах на территории Хабаровского края и Амурской области. Таким образом господин Фургал может стать первым осужденным за убийство губернатором в России.